A propos „sehr groß“: Im vergangenen Jahr haben wir erstmals über 100 #Terabyte „geschossen“ – allein an unserem #Röntgenmikroskop #GINIX am @DESY . Dazu kommen noch weitere Experimente an anderen Instrumenten, sowie an Laborquellen (nicht in der Grafik berücksichtigt).

Die Vortragsfolie „Challenges: Data Rates“ beleuchtet die Herausforderungen im Umgang mit den enormen Datenmengen in der modernen Tomographie. Die Folie ist in zwei Hauptbereiche gegliedert:

1. **Links**: Eine Balkendiagramm, das die jährliche Gesamtmenge an Rohdaten, gemessen in Terabyte, die an der GINIX aufgenommen wurden, darstellt. Die Datenmenge zeigt einen deutlichen Anstieg über die Jahre, mit markanten Anstiegen in jüngster Zeit, was durch technologische Fortschritte wie die Verwendung von Eiger-Detektoren und Parallelstrahl-Tomographie erklärt wird.

2. **Rechts**: Detaillierte Informationen zu den spezifischen Datenaspekten der Tomographie, einschließlich Messdaten, Tomographische Rekonstruktion, und beleuchtete Techniken wie der wellenleitergefilterte Kegelstrahl. Diese Abschnitte heben wichtige Spezifikationen hervor, wie:
- **Messdaten**: Über 3000 Projektionen plus zusätzliche Kalibrationsbilder, was zu einer Datengröße von 32 GiB pro Datensatz führt.
- **Tomographische Rekonstruktion**: Nutzung von Datenwürfeln mit einer Auflösung von 2048³ Voxeln, die jeweils 16 GiB an Speicher benötigen.
- **Weitere technische Details**: wie die Beleuchtungszeit pro Scan und die Verbesserungen durch PETRA IV, einschließlich einer 500-fachen Steigerung der Brillanz und automatisierten Prozessen für Probenwechsel und -ausrichtung.

**Markus Osterhoff** @mosterh1@academiccloud.social · Jan 24, 2024 *

Jan 24, 2024 *

Markus Osterhoff @mosterh1@academiccloud.social

Michael Brecht zeigt #Synchrotron-#Tomografie von Nervenbündeln, einzelne Axone können aufgelöst werden.
#GINIX #UM24

Fragestellung: wie werden sie Tast-Informationen von Schnurrhaaren an das Gehirn gesendet?

#Neuroscience #Nervenfasern #Röntgen #Bildgebung

(siehe auch die umfangreichen BiBeschs von GPT4)

Diese Folie zeigt die Rekonstruktion eines Schnurrhaarfollikels mit der Auflösung einzelner Axone. Es werden detaillierte Visualisierungen der neuronalen Strukturen präsentiert, die die komplexe Vernetzung innerhalb des Follikels darstellen. Diese hochauflösenden Bilder sind wahrscheinlich durch fortgeschrittene Bildgebungsmethoden ermöglicht worden, was zu einem besseren Verständnis der neuronalen Verarbeitung auf Mikroebene beiträgt.

Der "Whisker to Barrel Pathway": Hier wird der neuronale Signalweg von den Schnurrhaaren (Whiskers) zur Barrel-Region im Gehirn, welche die sensorischen Signale verarbeitet, dargestellt. Es zeigt, wie die Information durch verschiedene Gehirnstrukturen wie das Trigeminusganglion, Thalamus und den somatosensorischen Cortex weitergeleitet wird.

Das "Whisker Follicle": Dieser Teil der Präsentation erklärt, dass die Struktur des Schnurrhaarfollikels komplex und schwer zu visualisieren ist. Die Wichtigkeit der Mechanosensorik und der dreidimensionalen Struktur wird betont. Es werden verschiedene Bildgebungstechniken vorgestellt, wie serielle Schnitte, Micro-CT und Einzelaxon-Färbung mit Aufzeichnung, um die Struktur und Funktion des Schnurrhaarfollikels zu untersuchen.

Die Folie zeigt Ergebnisse einer Röntgen-Phasenkontrasttomographie des Schnurrhaarfollikels. Die Autoren der Studie sind Ben Gerhardt, Jette Alkfen, Jakob Reichmann und Tim Salditt. Es werden verschiedene Aufnahmen präsentiert, die Schnitte durch den Follikel in verschiedenen Vergrößerungen zeigen, um die Struktur detailliert zu visualisieren. Die letzte Abbildung ist eine 3D-Rekonstruktion des Follikels mit einer Voxelgröße von 0,6 Mikrometern, was auf eine hochauflösende Bildgebung hinweist. Diese Technik erlaubt es, feine anatomische Details zu erkennen, die für das Verständnis der Funktionsweise von Mechanosensorik wichtig sind.

**Markus Osterhoff** @sci_photos@troet.cafe · Jun 21, 2023

Jun 21, 2023

Markus Osterhoff @sci_photos@troet.cafe

Dieser Gruß geht raus an alle Trötnasen!

Es gab 2×30 Minuten #Gewitter heute Nacht, mit recht starkem #Regen. Konnte kaum schlafen. Auch in Hamburg war wohl was los; das #Synchrotron ging kurz aus, aber es waren noch Leute vor Ort, das letzte Makro aufsetzen. Und das lief zum Glück auch ohne (erkennbare) Probleme durch.

In drei Minuten beginnt der Maschinentag, dann ist unser Messzeitblock vorbei und die #GINIX wird wieder in die Parkposition geschoben.

Habt einen schönen Tag heute!

Continued thread

**Markus Osterhoff** @mosterh1@academiccloud.social · Jun 16, 2023

Jun 16, 2023

Markus Osterhoff @mosterh1@academiccloud.social

Here's a #photo (ultra-#wideangle #16mm), taken from within the #GINIX #Synchrotron #Experiment @DESY into the crowd of visitors.

On the left, Prof. Salditt explains the setup and the measurement scheme. In the bottom part, left of the yellow knob, is the sample tower; slightly left from the centre, parts of the #detector (blue camera labelled “PCO”) are visible; towards the rear, a big evacuated flight tube help the #XRays to reach the second detector bench.

Also, lots of #cables hang around.

**Markus Osterhoff** @mosterh1@academiccloud.social · Jun 16, 2023

Jun 16, 2023

Markus Osterhoff @mosterh1@academiccloud.social

The #HIConference2023 by the #Helmholtz #Imaging Platform is coming to an end. Soon, the last talk will close, after the summary we'll have a networking lunch – and therefore also visit the #GINIX experiment currently receiving #XRays at the P10 beamline.

Replied in thread

**Markus Osterhoff** @mosterh1@academiccloud.social · Jan 26, 2023

Jan 26, 2023

Markus Osterhoff @mosterh1@academiccloud.social

Tim Salditt (http://twitter.com/SaldittLab, substituting Jasper Frohn): #Multiscale #Xray Phase Contrast #Tomography at #GINIX/P10: Concepts, Implementation and Applications

- fantastic collaboration with the P10 team
- directly comparing #STED to #Minflux; old #confocal? not worth mentioning
- overview tomo, then zoom-in
- tumorous human pancreatic tissue #biopsy: quantify the #tumor type
- from electron density to metrics, quantify fibres etc.
- #hippocampus patho punch, #Alzheimer sample

TwitterSalditt Lab (@SaldittLab) / TwitterWe study soft matter & biomolecular assemblies, X-ray optics & holographic phase contrast X-ray imaging. Institute for X-Ray Physics (IRP) @uniGoettingen

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